1611 год – смутное время, Москва захвачена польскими войсками. В эту трудную пору Казанский митрополит Ефрем отправляет список Казанской иконы Божией Матери с городским отрядом в Нижний Новгород в ополчение Минина и Пожарского. Перед началом решающей битвы русские войны усердно молятся перед чудотворным образом о заступничестве Пресвятой Богородицы. В память об избавлении Москвы и России от иноземных захватчиков Церковью был установлен праздник Казанской иконе 22 октября или 4 ноября по новому стилю. Прошли годы и список, бывший в ополчении, поместили в Казанский собор на Красной площади, другой – в Казанский собор г. Санкт Петербурга.

И случился в Казани большой пожар, огонь поглотил часть города, примыкавшую к Кремлю с севера-востока. Сгорел и двор стрелецкого сотника Данилы Онучина. После пожара дочери сотника Матроне трижды являлась во сне Пресвятая Богородица и повелела идти на городское пепелище и обрести ее образ. Девочка рассказала видение матери, а та сообщила архиепископу Казанскому Иеремии, который благословил участвовать в поисках иконы. 8 июня 1589 года Казанский образ Пресвятой Богородицы обрели среди руин сгоревшего дома.

Явление иконы Пресвятой Владычицы нашей Богородицы и Приснодевы Марии описал Гермоген, митрополит Казанский и Астраханский. Не показала Владычица Образа Своего ни святителю града, ни начальнику властей, ни вельможе или богатому, ни мудрому старцу. Но открыла Свое сокровище, чудный Свой Образ источник неисчерпаемый, приходящим с верою, — десятилетней девице, именем Матрона, дочери одного человека из простецов, служившего на войне стрельцом. Образ сиял светлостью, как будто был написан новыми красками, земная грязь не коснулась чудного образа.

На месте обретения чудотворной иконы вскоре был основан Казанский Богородицкий женский монастырь. Со временем Матрона Онучина приняла монашество и стала настоятельницей обители. Некогда Богородицкий монастырь поражал паломников своими размерами и красотой, но XX век не пощадил обитель. До наших дней сохранились лишь двухэтажный корпус с Крестовоздвиженским храмом и Софийская надвратная церковь.

История монастыря неразрывно связана с чудотворной Казанской иконой Божией Матери, одной из самых почитаемых Православной Церковью. Веками шли люди поклониться чудотворному образу, несли свою боль и горе. Как писал протоиерей Иоанн Чепелев: «Бога ради, прекратите умничать там, где надо в смирении преклонить колена перед Господом... Не «омирщайте» святыни Божии прикосновением к ней мудрования человеческого. Не считайте, сколько камушков на иконе, а считайте, сколько на ней слез, излитых в неизбывном людском горе...»

В 1904 году Россию потрясло известие о краже в ночь на 29 июня иконы из Казанско-Богородицкого монастыря. Похитителей вскоре арестовали, но образ не нашли. Похищение иконы не остановило поток паломников к месту ее обретения. В Казани по сей день бытует предание, будто похищен только чудотворный список, а настоящая древняя икона сокрыта и сохранена старой игуменьей и находится в Казанском храме Ярославских Чудотворцев.

Краски лишь смягчились с годами, еще больше подчеркивая красоту и святость ликов. Это смягчение и потемнение красок, наступающее с веками, было причиной того, что икона получила название «черной».

21 июля 2005 года Богородицкую обитель посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Он передал Казанской епархии чудотворный список Казанской иконы Божией Матери, в последнее время хранившийся в Ватикане. Образ установлен в Крестовоздвиженской церкви.