Будущий святитель родился близ Солигалича в благочестивой христианской семье. Будучи всего лишь 12-летним отроком, постригся в монашество в Галиче, потом перешел в Московский Симонов монастырь.
Уже с юных лет инок был избранником Божиим. Избранничество это проявилось так: однажды митрополит Московский Фотий посетил Симонов монастырь и после молебна пожелал посетить иноков, трудящихся на послушании. Когда он пришел в пекарню, то увидел уснувшего от многих трудов Иону, правая рука утомленного была согнута в благословляющем жесте. Святитель Фотий просил не будить его, благословил спящего инока и пророчески предсказал присутствовавшим, что этот монах будет великим святителем Русской Церкви и многих наставит на путь спасения.
Пророчество сбылось и в 1437 г. Иона был поставлен во епископа Рязани и Мурома. Через некоторое время он был избран в преемники митрополиту Фотию на Московскую кафедру. В то время, как известно, Русская Церковь подчинялась Константинопольскому патриархату. Но епископу Ионе, нареченному в митрополиты в конце 1432 г., не удалось пойти в Царьград за посвящением довольно долгое время. Причиной тому были личные планы Константинопольского патриарха относительно Русской Церкви, а также ряд неурядиц на московском великокняжеском столе. Юрий Дмитриевич продолжал враждовать с Василием Васильевичем и в 1433-34 годах дважды одолевал его и занимал великое княжение. Только со смертью Юрия в 1434 г. князь Василий крепко сел на великом княжении. Тогда, в конце 1436 или начале 1436 г. Иона отправился в Константинополь. Однако было уже поздно, и греки поставили на русскую митрополию своего, крайне нужного им, выдающегося кандидата – Исидора.
В эти годы заката Византийской империи император и некоторая часть духовенства надеялись спасти государство от турок, прибегнув к помощи Ватикана, который в свою очередь требовал унии – то есть присоединения и подчинения Православной Церкви Римо-Католической. Но уния оказалась бесплодной: Русская Церковь, да и Константинопольская, несмотря на подписанные бумаги, унии не приняли. Митрополит Исидор, подписавший унию от имени Русской Церкви, был низложен, а Иона посвящен в митрополиты Московские 15 декабря 1448 года собором русских святителей в Москве. Впервые после митрополита Климента митрополит Московский был поставлен собором русских епископов.
Однако обстоятельства сложились для русских так благоприятно, что Константинополь должен был без возражений, молчаливо признать правильность поставления митрополита Ионы. Последний был поставлен в самом конце 1448 г., а в начале 1449 г. в Константинополе, вместо умершего устроителя флорентийской унии императора Иоанна Палеолога, вступил на престол брат его Константин XI, который объявил себя сторонником Православия. Православный император, конечно, не мог допрашивать и винить русских за то, что они поставили себе митрополита независимо от униатского патриарха. Таким образом, со времен святителя Ионы Русская Церковь стала практически независимой от Константинопольского престола.
При митрополите Ионе решилась также серьезная проблема с епархиями, входящими в литовское государство. Только в следующем 1449 г. митрополит Иона, пользуясь состоявшимся между Казимиром и Москвой мирным договором, выхлопотал себе у повелителя Литвы право фактического управления литовско-русскими епархиями. Для увещания православного населения этих епархий – подчиниться митрополиту, поставленному на Москве, Иона писал особые послания, из которых до нас сохранилось два: 1) «ко всем князьям и панам и боярам и наместникам и воеводам и всему купно литовско-галицкому людству» и 2) к киевскому князю Александру Владимировичу. Согласие населения, видимо, было получено, и Казимир грамотой от 1451 г. подтвердил за Ионой право на «столец митрополичь киевский и всея Руси, как первие было по уставлению и обычаю русского христианства».
В 1451 г. великий князь, оставляя Москву, чтобы собрать войска против ногайцев, охрану столицы доверил митрополиту Ионе с боярами. По современным свидетельствам, когда напавшие на Москву ногайцы зажгли ее предместье, святитель Иона, отстаивая Кремль, совершил, среди дыма и зноя от пламени, крестный ход по его стенам – и ветер, гнавший пламя на Кремль, внезапно утих.
Увидев престарелого монаха Антония, инока Чудова монастыря, который отличался добродетельной жизнью, святитель Иона сказал: «Сын и брат мой Антоний! Помолись милостивому Богу и Пречистой Богородице об избавлении города и всех православных христиан». Смиренный Антоний ответил: «Великий святитель! Благодарим Бога и Пречистую Его Матерь: услышала Она молитвы твои и умолила Сына Своего: город и все православные христиане будут спасены по твоим молитвам. Враги скоро будут побеждены. Только мне одному суждено от Господа быть убитому врагами». Едва старец сказал это, как вражеская стрела пронзила его. Предсказание старца Антония сбылось, 2 июля, в праздник положения Ризы Пресвятой Богородицы, в рядах татар произошло смятение, и они в неведомом страхе и ужасе обратились в бегство. Святитель Иона вскоре построил на своем дворе храм в честь положения Ризы Пресвятой Богородицы в память избавления Москвы от врагов.
Скончался угодник Божий в марте 1461 г. Еще при жизни ему приписывали дар творить чудеса. Жизнеописатели его рассказывают о многих чудесах при его мощах. В 1472 году мощи святого митрополита Ионы были обретены нетленными и положены в Успенском соборе Кремля. Общецерковное прославление святого Русской Церковью последовало на Московском Соборе в 1547 году, когда ему установили особую память. В 1596 году святитель Иов Московский установил празднование святителю Ионе в Соборе других Московских святителей, 5 октября.